生物多様性維持協定制度とは？土地所有者が知っておきたい仕組みと注意点

生物多様性維持協定制度とは？基本概要

生物多様性維持協定制度は、地域生物多様性増進法に基づき、市町村と地域生物多様性増進活動を行う者、そして活動区域内の土地所有者が協定を結び、当該区域で連携地域生物多様性増進活動を実施するための仕組みです。
同法は、生物多様性の損失が進む現状を踏まえ、地域での保全と再生の取組を促進することを目的として制定されています。
生物多様性維持協定は、この法律の中で位置付けられた制度として、土地所有者等の自発的な関与を前提に、生態系の保全と適切な利用を長期的に進める役割を担っています。

この制度が創設された背景には、生物多様性基本法により示された国の基本的な方針や、生物多様性条約において各国に求められている保全と持続可能な利用の推進があります。
生物多様性基本法では、生物多様性国家戦略の策定などを通じて、国全体で生態系の保全と回復を進めることが示されており、その具体化の一つとして地域生物多様性増進法が位置付けられています。
また、生物多様性条約では、生物多様性の保全、構成要素の持続可能な利用などが締約国の義務とされており、生物多様性維持協定制度は、地域レベルでこれらの国際的な要請に応えるための枠組みといえます。

協定の対象となる連携地域生物多様性増進活動には、管理が行き届かなくなった農地や草地の再生、手入れ不足の二次林の適切な管理、在来種を中心とした多様な動植物の生息環境の維持など、地域の生態系を守り、高めるための取組が含まれます。
これらの活動は、自然共生サイトとしての価値を維持しつつ、将来にわたり健全な生態系サービスを提供し続けることを目指すものです。
土地所有者にとっては、単に開発を抑制するだけでなく、地域の自然環境の価値を長期的な資産として高めていく視点を持つことが、この制度を理解するうえで重要になります。

生物多様性維持協定の仕組みと締結の流れ

生物多様性維持協定は、地域生物多様性増進法第22条に基づき、市町村と活動実施者、土地所有者等の三者が協力して締結する協定です。
まず、主務大臣の認定を受けた連携増進活動実施計画に位置付けられた区域のうち、生物の多様性が維持されている土地が候補になります。
その上で、市町村がとりまとめ役となり、活動実施者と土地所有者等が協定内容を協議し、全員の合意を得て協定書を作成します。
協定が整った後、市町村が公告や閲覧手続を行うことで、生物多様性維持協定として正式に効力を持つ仕組みです。

協定対象区域は、認定連携増進活動実施計画に定められた区域のうち、生物多様性の維持に資する活動を行うことが適切と判断される土地から選定されます。
このとき、区域内の土地の所有者等の全員の合意が法律で求められており、一部のみの同意では協定を締結することはできません。
これは、生物多様性維持協定が公告後に新たな所有者にも及ぶ継続的な効力を持つため、利用制限や管理方針について不利益や争いが生じないようにするためです。
したがって、区域の線引きや内容の調整には、市町村が中心となって丁寧な合意形成を進めることが重要になります。

協定書には、法律で求められる必須事項として、協定の目的となる土地の範囲、連携地域生物多様性増進活動の内容、生物多様性維持協定の有効期間が定められます。
あわせて、協定違反があった場合の対応や、協定内容の変更手続、やむを得ない事情が生じた際の終了手続なども盛り込まれるのが一般的です。
また、土地や木竹の利用を不当に制限しないこと、生物多様性の維持に有効であることなど、法令や告示で示された基準に適合していなければなりません。
このように、協定書には長期的な土地利用と生物多様性の保全を両立させるための具体的な取り決めが体系的に整理されます。

画像：イメージ図（※2026年8月21日：AI生成ブログ＋画像）

土地所有者・相続人にとっての権利と義務

生物多様性維持協定が締結されると、その区域内の土地利用には協定内容に沿った一定の制約が生じます。
例えば、協定で定めた植生の保全や水辺環境の維持を阻害するような大規模な造成や伐採などは、原則として行えない場合があります。
また、地域生物多様性増進法では、協定の効力は相続や売買によって所有者が変わった後も引き継がれる承継効が定められています。
したがって、土地を将来どのように利用したいかを踏まえ、協定内容を十分に確認したうえで締結に参加することが重要です。

生物多様性維持協定区域内の土地については、相続税や贈与税の評価額をおおむね20％減額できる特例措置が整備されています。
これは、協定期間を20年以上とすることなど一定の要件を満たすことを前提に、土地評価額を通常より低く算定できる仕組みです。
国税庁の質疑応答事例では、協定締結区域であることを証する書類を相続税や贈与税の申告書に添付する必要があると整理されています。
土地所有者や相続人にとっては、長期的に自然環境を守りながら、税負担の軽減にもつながる可能性があるため、条件や手続を早めに確認しておくと安心です。

生物多様性維持協定の効力は、不動産取引の場面でも見落としてはならない重要な情報になります。
不動産の売買契約に先立ち、宅地建物取引業者が行う重要事項説明では、土地の利用制限や公法上の規制について説明する義務があります。
協定によって土地利用が制限されている場合、その内容を契約前に買主へ分かりやすく伝えることが適切な取引のために欠かせません。
土地所有者や相続人としても、固定資産税の課税明細書や自治体の公表資料などで協定区域かどうかを把握し、売買の相談時には必ずその情報を伝えるよう心掛けるとよいです。

不動産の購入前・相続前に確認すべきポイント

まず確認したいのは、購入予定地や相続予定地が生物多様性維持協定区域に含まれているかどうかという点です。
生物多様性維持協定は、地域生物多様性増進法に基づき、市町村と活動実施者、土地所有者等が協定を締結することで成立する制度です。
協定区域の情報は、市町村が作成する認定連携増進活動実施計画や、環境省などが公表する資料で確認できるとされています。
不動産の購入や相続を検討する際には、登記情報だけでなく、自治体窓口や公表資料で協定の有無を事前に確認しておくことが重要です。

次に大切なのは、自身が考えている将来の土地利用と、協定内容との適合性を整理することです。
地域生物多様性増進法では、協定区域内で行う連携地域生物多様性増進活動の内容が協定書に定められ、土地利用に一定の制約や配慮が求められる仕組みになっています。
たとえば宅地化や賃貸による利用、事業用地としての利用を検討している場合、その行為が協定で定める生物多様性の維持・増進に反しないかどうかを事前に確認する必要があります。
利用計画と協定内容が両立しない場合、協定変更には関係者全員の合意が必要となるため、長期的な視点で慎重に判断することが求められます。

さらに、生物多様性維持協定の有無は、資産価値や活用計画にも影響を与える点に注意が必要です。
環境省の資料では、協定が締結された一定の土地について、相続税・贈与税の評価額を20％減額する税制上の措置が示されており、長期保全と税負担の軽減を両立させる仕組みが整えられています。
一方で、協定による土地利用の制約は、短期的な開発や転売には不向きな側面もあるため、投資目的や活用方針に応じた検討が欠かせません。
協定内容や税制優遇の具体的な適用可否については、早い段階で専門家に相談し、将来の相続や売却を見据えて判断することが安心につながります。

まとめ

生物多様性維持協定制度は、土地の価値を守りながら自然環境も将来世代に引き継ぐための仕組みです。
相続や売買の際にも効力が承継されるため、早い段階で制度内容と自分の土地利用計画との相性を確認することが大切です。
また、相続税・贈与税評価額が20％減額されるなど、経済的なメリットも見逃せません。
一方で、土地利用の制約や将来の活用プランへの影響もあるため、慎重な検討が必要です。
当社では、生物多様性維持協定制度の基礎知識から、個別の資産状況に応じた活用方法まで丁寧にご説明しています。
「自分の土地が協定の対象か知りたい」「税負担や資産価値への影響を整理したい」とお考えの方は、各市町村にお問い合わせしてみてください。

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